植物遺伝子データベース

―植物二次代謝および輸送タンパク質に重点を置いて―

 モデル植物としてシロイヌナズナに続きイネのゲノム解析が終了し、 植物の持つ遺伝情報の全容が次第に明らかになりつつある。これらの遺伝子情報に加え、変異体ラインなどのリソースが完備されたことで、 逆遺伝学や機能遺伝学的解析が容易となり、植物の生命科学研究は飛躍的に進歩している。しかしその一方で、植物を特徴付ける重要な形質の 一つである二次代謝系の遺伝子は、その複雑さゆえにまだ多くの部分が未解明のまま残されているのが現状である。それは転写因子やシグナル 伝達などの研究領域に比べて、研究母体のサイズがあまり大きくないことに加え、二次代謝に焦点を絞った分子遺伝情報があまり発達していないことにも起因する。

  本「植物遺伝子データベース」では、植物の二次代謝とその代謝産物の転流・蓄積に関与すると考えられる膜輸送遺伝子に焦点を絞り、二次代謝産物の 生産に特化した植物の培養細胞を遺伝子資源として、二次代謝産物生産時に高発現している遺伝子のEST解析を行い、その遺伝子情報を想定される遺伝子機能と共に 公開している。現在、キーワード検索のほかに、利用者の持つ遺伝子配列を用いたBLAST検索を提供し、様々な生物種からの目的遺伝子のhomology-based cloning に資するとともに、高保存性アミノ酸やモチーフの同定、分子進化的解析に必要な情報を提供する。将来的には、各ESTデータに対して確実性の高いものに 関してはその生合成反応式、あるいは代謝産物の予測膜輸送機構を添付し、利用者に詳細な情報を提供することを図る。さらに、プローブとして当研究所の持つEST クローンそのものの提供を希望する利用者に、フリーズストックの配布を行う。

   二次代謝に特化した培養細胞として、マメ科のクララの培養細胞を用いた。 また、かずさDNA研究所植物遺伝子第2研究室*のご協力を得て、ムラサキ科のムラサキ培養細胞 のEST解析も行っている。近いうちに後者のデータもアップできるように整備中である。これらの植物細胞と生産されている二次代謝産物、 およびそれら天然有機化合物の生合成経路と輸送および蓄積における特徴など、詳しい情報は「クララについて」および「ムラサキについて」のページを参照されたい。


 ムラサキ培養細胞のESTデータに関しましては、かずさDNA研究所植物遺伝子第2研究室、柴田大輔室長、鈴木秀之博士、櫻井望博士のご協力により得られたものです。 この場をお借りして深く感謝いたします。